CarloV (I di Spagna e Sicilia)                             1515- 1556

Filippo I (II di Spagna)                                         1556 - 1598

Filippo II ( III di Spagna)                                    1598- 1621

Filippo III (IV di Spagna)                                    1621 - 1665

Carlo II                                                                       1665- 1700

Ferdinando lasciò il regno di Spagna al nipote Carlo V, figlio di Giovanna la Pazza e di Filippo il Bello, arciduca d'Austria.

Per una serie di circostanze il giovane Carlo riunì la corona asburgica e quella spagnola.

Nel 1537 FerdinaiidoGonzaga, il viceré delegato da Carlo V in Sicilia, ispezionò la città di Siracusa e ordinò l'ammodernamento dei castelli Maniace. Marieth e Casanova, affidando all'architetto Antonio Ferramolino la progetta­zione di nuove fortificazioni.

Assegnò ai cavalieri di S. Giovanni le isole di Malta e di Gozo.

Alla morte della regina Germana ( 1538), Carlo V soppresse la Camera Reginale e Siracusa divenne una semplice città governata da un Capitano d'Arme e da un Capitano di Giustizia.

A questo decadimento politico fecero seguito numerose e gravi calamità naturali: il 5 agosto del 1542 una serie di scosse sismiche si susseguì in tutta la Val di Noto provocando gravissimi danni. A Siracusa crollò il campanile del Duomo e l'intera chiesa fu dichiarala pericolante; crollò parte del palazzo vescovile, il Forte Casanova e il Castello Marieth, oltre ovviamente a numerose case di Ortigia.

La ricostruzione della città riprese con grande rapidità e Ortigia risorse dalle macerie.

Sul nuovo campanile del Duomo fu applicala una lapide con la seguente iscrizione:

Terremotum Dirutum Carolo V Caes. Hieronio

Bonomino Panormita Antistite. S.P.Q.S. Post Triennum I nsa MDXXXXV.

Particolare attenzione fu rivolta alle fortificazioni.

Con gli Austriaci, a Siracusa tornò una relativa serenità; la gente e gli stessi "ospiti" usarono ogni mezzo per risollevare la città e per migliorare le condizioni di vita. Il vescovo, Fra Tommaso Marini da Valenza, inizio i lavori di restauro del Duomo, danneggiato dal terremoto del 1693, e della chiesa di Santa Lucia. Sorsero nel frattempo altre chiese e altri monasteri. In particolare occorre segnalare la Casa del Ritiro, eretta con le donazioni di alcune nobildonne della città, che vestirono in tale occasione l'abito monacale.

Nel 1734 la Spagna ruppe gli accordi e Filippo V di Borbone fece incoronare il figlio Carlo re delle Due Sicilie; aveva ufficialmente inizio la dominazione borbonica nel regno di Napoli e in quello di Sicilia.

Gli Austriaci, sconfitti su tutto il territorio, abbandonarono Palermo poco difendibile e si rifugiarono a Siracusa.

Il viceré Santago si asserragliò nel castello Maniace e si preparò alla difesa assieme al comandante imperiale Diego Orsini, marchese del Carretto, e all'intera guarnigione.