Insediatisi fin dal 1735, i Borboni diedero prova, fino all'avvento di Napoleone, dell'atteggiamento illuminato che era patrimonio delle monarchie temperate. Poi iniziarono, invece, una politica più illiberale che negava completamente le istanze di autonomia da Napoli, dove aveva sede la capitale del Regno.
Tanto che si resero inevitabili moti di rivolta sanguinosamente sedati (dal 1821 al 49); non solo: il capoluogo fu spostato nel 1837 a Noto, fino al 1865.
Con l'unità d'Italia, allo scontento per le prevaricazioni dei piemontesi, si accompagnarono le rivolte a carattere sociale, determinate dall'ormai secolare condizione di povertà ed ingiustizia. Rianimato dai traffici per la guerra di Libia, e distrutto dagli aerei tedeschi con lo sbarco degli alleati in Sicilia, il porto di Siracusa ha conosciuto un meno effimero sviluppo nel secondo dopoguerra e — soprattutto — con il boom economico degli anni '50 e '60.
Oggi i problemi di Siracusa sono quelli di una città ad economia mista, con una consistente presenza industriale: insediamenti industriali troppo vicini alla città.

Nel 1862 si provvide alla sistemazione della fonte Aretusa, che venne rinchiusa nell'attuale bacino, distruggendo l'originale sua collocazione che probabilmente era più suggestiva. Nel periodo post-unitario, un poco in tutte le città siciliane si procedette «a rullo compressore» nella demolizione delle antiche opere fortificate, delle mura, dei bastioni spagnoli.
La indiscriminata distruzione provocò, a Palermo e a Siracusa, la scomparsa di una originale cinta muraria della quale con tutta agevolezza larghi brani potevano essere mantenuti. Scrive Tommaso Gargallo di Castel Lentini: «Questa stessa mentalità aveva segnato il destino delle fortificazioni. Eppure non sarebbe stato impossibile aggirarle; tutt'al più demolire, se era proprio necessario, qualche cortina ad est, e praticare un secondo ponte dove oggi se ne è aperto uno, lasciando quello centrale, e la porta maestosa, come passaggio pedonale... la piazza di Siracusa aveva un fronte a terra che era uno dei capolavori militari dei vecchi tempi. Innestate sui muri medievali, di cui sopravvive... la fiera grazia di porta Marina, i nuovi bastioni rappresentano il barocco in ogni sua fase; da quando sbocciò nel tardo rinascimento... a quando si affievolì nei leziosismi e nelle raffinatezze settecentesche».

FERDINANDO III UTRUSQUE SICILIAE

REGI CLEMENTISSIMO QUI

SYRACUSANORUM PORTUS

ET MOENIA LUSTRANDO

HANC AEDEM

ADIUIT HONESTAVIT BEAVIT

FRANCISCUS BENEVENTANO

IN GRATI ANIMI PIGNUS

ET ACCEPTE HONORIS MEMORIAM

POSVIT

DIE XXVIII APRILIS ANO MDCCCVI

Traduzione di: ENZO GAROFALOA

Ferdinando III re clementissimo delle due Sicilie che visitando il porto e le mura di Siracusa entrò in questa dimora la onorò e la rese feliceFrancesco Beneventano a testimonianza della sua gratitudine e a ricordo dell'onore ricevuto pose (questa lapide)